De dokter en leraar Sebastián Roldán y Maldonado schonk in 1735 bij testament zijn rijkdom van 26 duizend peso voor missies van de jezuïeten in de wereld van Nieuw-Spanje.
Zijn zus, mevrouw Ángela Roldán, weduwe van H. (O) rdeñana, besloot jaren later, in 1743, om voor hetzelfde doel 50 duizend peso aan de nalatenschap van haar broer toe te voegen. De superieuren besloten toen om in Puebla het land naast het plein van Guadalupe te verwerven om de kerk en school van San Francisco Javier te bouwen, het laatste belangrijke werk van de Sociëteit van Jezus in die stad en in Mexico voordat ze werden verdreven.
Tussen 1 en 13 december 1751 werd de opening van de kerk en school gehouden om, net als die van San Gregorio de México, de christelijke leer en de eerste brieven onder de inboorlingen over te brengen, zendingswerk te verrichten in de wijken van Angelópolis en in de Sierra de Puebla, en om jezuïeten op te leiden in natuurlijke talen. In de beginjaren telde het meer dan 200 studenten.
Daar werkte hij als Indiase arbeider sinds 1761, volgens verslagen de beroemdste van de persoonlijkheden van zijn tijd: Francisco Javier Clavijero (1731-1787), belangrijke en respectabele jezuïet in de geschiedenis van ideeën, voorloper van onze afhankelijkheid, initiator en exalter van onze sterke inheemse culturele erfenis, hervormer van de moderne filosofie van Mexico en van de leer van de wetenschap, vanwege zijn "begrip van het vaderland als een andere werkelijkheid dan Spanje" en vanwege zijn permanente en gevoelige les van liefde voor wat van ons is.
Clavijero was al in Puebla geweest en jaren geleden in San Jerónimo, San Ignacio, EI Espíritu Santo en San Ildefonso, bepalende factoren voor zijn humanistische opleiding. Hij keerde terug naar San Javier nadat hij de prachtige erfenis had ontdekt die Carlos de Sigüenza y Góngora had nagelaten in het Colegio de San Pablo de la Vieja México-Tenochtitlan, zeker aangetrokken door de inheemse grootheid, de culturele wortels van Mexico. Aangenomen wordt dat deze jezuïet Nahuatl leerde in San Javier, wat hem in staat zou stellen zijn fundamentele Oude Geschiedenis van Mexico in ballingschap te schrijven.
Ongetwijfeld heeft zijn verblijf in Puebla bijgedragen aan het smeden van deze opmerkelijke persoonlijkheid, die overging van Angelópolis naar Valladolid (Morelia), waar zijn leer later de vorming van nationale figuren zoals Miguel Hidalgo y Costilla beïnvloedde.
De kerk van San Javier, gebouwd in de achttiende eeuw, was een van de mooiste gebouwen van de Ignatiaanse orde in Puebla, de versiering is van alle smaak, de arrogante koepel heeft een enkele toren, de prachtige afbeeldingen van de gevel van drie lichamen van een grillige Doric, zegt Marco Díaz. De arcades en de patio werden in 1949 anarchistisch getransformeerd, waardoor alleen een zijingang met interessante vormen overbleef.
In de apsis bevond zich een verguld altaarstuk van voortreffelijk en voortreffelijk vakmanschap, in het midden daarvan was onder een prachtig paviljoen van dezelfde grootte een prachtige beeltenis van Sint Franciscus Xaverius geplaatst. Volgens Dr. Efraín Castro zijn de auteurs van dit altaarstuk dezelfde die het in Tepozotlán hebben gemaakt: Miguel Cabrera en Higinio de Chávez.
De tempel werd verlaten met de verdrijving van de jezuïeten in 1767; 28 jaar later, in 1795, is er sprake van een grote achteruitgang en het jaar daarop geeft Antonio de Santa María Inchaurregui commentaar op de reparatie ervan. Momenteel is de eindbestemming van zijn artistieke rijkdom onbekend, zoals de altaarstukken met de figuren van Saints José en Ignacio en opmerkelijke Guatemalteekse stukken. Op de omslag van San Javier, bij het schoonmaken van de stenen, kwamen de inslagen van granaatscherven die in 1863 op de Puebla-site werden ontvangen, naar voren als stomme getuigen.
Krachtens een wet uitgevaardigd door het Congres van de Unie werd San Javier op 13 januari 1834 eigendom van de regering van de staat Puebla, en het was toen dat de nieuwe staatsgevangenis werd gebouwd naast de tempel en het college in overeenstemming met met de plannen van de grote Puebla-architect en vernieuwer José Manzo (1787-1860), op de manier van de Cincinnati Prison. Dit project, dat zeer geavanceerd was in zijn tijd, omvatte workshops voor de rehabilitatie van gedetineerden die hen actief hielden en middelen bood om hun families te ondersteunen.
De oorspronkelijke verdienste van dit werk komt overeen met generaal Felipe Codallos, gouverneur van de staat tussen 1837-1841, die de eerste steen legde op 11 december 1840. De voortgang van de bouw was opmerkelijk tot 1847, toen het werd onderbroken en ernstig werd beïnvloed door de rede van de Amerikaanse interventie. In 1849, met de gouverneur Juan Mújica y Osorio, werden de werken hervat, maar een nieuwe interventie, nu de Franse, stopte de bouw opnieuw.
Na de sublieme overwinning van 5 mei 1862 en de bezetting ervan als kazerne, veranderde de Poblano Joaquín Colombres de gevangenis in Fort Iturbide voor de verdediging van de stad en werd het de heroïsche plek van 1863. San Javier, vanwege zijn Gedeeltelijk was het van 18 tot 29 maart van dat jaar een zeer belangrijk bolwerk waar de Mexicaanse troepen een van hun beste heldendichten schreven, hoewel het gebouw bijna volledig werd verwoest door het bombardement.
Een jaar later, in 1864, beschadigde een sterke aardbeving het gevangeniscomplex en het San Javier-gebouw aanzienlijk, waarvan de enige toren viel.
Op 13 december 1879 nam een groep poblanos de taak op zich om het grote werk voort te zetten en te voltooien, waarbij ze een wederopbouwcomité vormden dat generaal Juan Crisóstomo Bonilla (gouverneur van 1878 tot 1880) sponsorde bij decreet van het Staatscongres. De werken begonnen op 5 februari 1880, onder leiding van de Puebla-architect Eduardo Tamariz en Juan Calva y Zamudio, die de oorspronkelijke richtlijnen van José Manzo respecteerden.
Met de latere gouverneurs van de entiteit (generaals Juan N. Méndez die in 1880 regeerde en Rosendo Márquez die het tussen 1881 en 1892 deed) werd het eindeloze werk afgerond. De reconstructie was bijna voltooid: heren- en damesappartementen, gewelven, trappen, kantoren, 36 paviljoens en een halfduizend cellen.
Op 1 april 1891 werd de doodstraf in de staat - eerst in het land - afgeschaft, werd de Raad voor de bescherming van gevangenen opgericht en werden verschillende hervormingen doorgevoerd in het Wetboek van Strafrecht van de entiteit, en de volgende dag werd Porfirio Díaz, president van De Republiek heeft de gevangenis in dienst genomen.
Met betrekking tot de kosten van de constructie is het de moeite waard om de volgende gegevens te vermelden: in 1840 werd een speciale bijdrage van 2,5% vastgesteld op de verkoop van likeuren, en in 1848 kregen de pulquerías een quotum van 2 reales se manarios, " belastingen ”die nooit voldoende waren voor het grote werk. Van 1847 tot 1863 werden 119.540,42 peso's geïnvesteerd en van 1880 tot 1891 werd 182.085,14 uitgegeven.
De gemeenten zorgden maandelijks voor het onderhoud van de gevangenen uit hun regio. De jaarlijkse uitgaven van de Penitentiaire Inrichting in de eerste jaren bedroegen meer dan 40 duizend peso. In 1903 richtten de doktoren Gregorio Vergara en Francisco Martínez Baca een antropometrisch en crimineel laboratorium op in de instelling, evenals een museum met meer dan 60 schedels van gevangenen die stierven in de gevangenis, die momenteel onder hechtenis staat van de INAH.
Het San Javier-gebouw had verschillende functies: kazerne, magazijn, militair hospitaal, ziekenhuis voor epidemieën, brandweerkazerne, gemeentelijke elektrische afdeling en eetzaal van de penitentiaire inrichting, waarvoor het geleidelijk werd verwoest. In 1948 werd een openbare school geïnstalleerd op de binnenplaats en de arcades van San Javier, waardoor het architecturale complex ernstig werd beschadigd, en in 1973 en de afgelopen jaren werden de gewelven ernstig aangetast.
De penitentiaire inrichting van Puebla was in bedrijf tot 1984, het jaar waarin de gouverneur van de staat, Guillermo Jiménez Morales, een volksraadpleging hield om de beslissing over het gebruik en de bestemming van deze historische gebouwen in handen te laten van de inwoners van Puebla, waarvan er één de het talent van Francisco Javier Clavijero, onze inheemse talen werden verspreid en belangrijk educatief werk werd verricht, naast de bizarre verdediging van de nationale integriteit in beide gevallen, althans bij twee gelegenheden. Unaniem vroegen de poblanos de uitvoerende macht om de gevangenis te renoveren en San Javier te redden om hen te wijden aan culturele activiteiten en als rijke getuigenissen, essentieel om de historische herinnering aan Puebla levend te houden.
