De geschiedenis van de stad die oorspronkelijk het Koninkrijk Nieuw-Galicië heette, gaat verder.
Er is ook het oude jezuïetencollege van Santo Tomás de Aquino, gebouwd in het laatste decennium van de 16e eeuw en dat in 1792 werd bezet door de universiteit. Van de constructie zijn alleen de kerk, met zijn monumentale koepel uit de vorige eeuw, en de aangrenzende Loreto-kapel, gebouwd in 1695 door Juan María de Salvatierra, overgebleven. De tempel van San Juan de Dios, voorheen de kapel van Santa Veracruz, gebouwd in de 16e eeuw door Don Pedro Gómez Maraver, werd gebouwd in de 18e eeuw met een barokke façade met sobere kenmerken. De kerk van La Merced, met een barokke stijl die lijkt op die van San Juan de Dios, hoewel meer sierlijk, werd in de 17e eeuw gesticht door de broeders Miguel Telmo en Miguel de Albuquerque.
De tempel van La Soledad werd tegen het einde van de 17e eeuw en het begin van de 18e eeuw gebouwd op verzoek van Juana Romana de Torres en haar echtgenoot, kapitein Juan Bautista Panduro. In de plaats was de broederschap van Onze Lieve Vrouw van eenzaamheid en het Heilig Graf, die een kapel bezette die was gewijd aan San Francisco Xavier. De tempel en school van San Diego, werk van de XVII eeuw; de eerste met een zeer sobere façade die al lijkt te behoren tot de neoklassieke stijl en de tweede met een prachtige arcade die zijn oude klooster siert.
De kerk van Jesús María, verbonden aan het klooster met dezelfde naam, werd gesticht in 1722; het heeft nog steeds zijn barokke façades, waarop u grote sculpturen kunt zien die de Sagrada Familia, de Virgen de la Luz, San Francisco en Santo Domingo voorstellen.
Ten slotte is het belangrijk om nog drie religieuze constructies te belichten die naar voren zijn gekomen als de beste voorbeelden, elk in zijn soort, van de ontwikkeling van koloniale architectuur in Guadalajara, voornamelijk tussen de zeventiende en achttiende eeuw. Zo hebben we de Aránzazu-kapel, uit het midden van de 18e eeuw, met zijn merkwaardige klokkentoren en het interieur versierd met prachtige schilderijen en Churrigueresque altaarstukken uit dezelfde periode en wordt beschouwd als de beste in de stad. Het klooster en de kerk van Santa Mónica, gesticht door pater Feliciano Pimentel in de eerste helft van de 18e eeuw; de tempel heeft een dubbele façade met rijke versieringen die geklasseerd zijn als het beste voorbeeld van de uitbundige solomonische barokstijl. De tempel van San Felipe Neri, gebouwd in 1766 door de architect Pedro Ciprés, vormt een geheel van buitengewone soberheid die elementen met Plateresque herinneringen in de versiering opneemt, een aspect dat de tempel als het beste religieuze gebouw in Guadalajara plaatst.
In de constructies die overeenkomen met de burgerlijke architectuur, zijn er enkele bewonderenswaardige gebouwen, waaronder het regeringspaleis, oude koninklijke huizen die in de 18e eeuw werden aangepast naar aanleiding van een project van de militair ingenieur Juan Francisco Espino, hoewel de gevel was werk van Miguel José Conique. Het gebouw werd in wezen in de barokstijl opgevat, maar er zijn al bepaalde neoklassieke tendensen merkbaar. De koninklijke kantoren, die zich in het ter ziele gegane Palacio de Medrano bevonden, en de audiëntiezalen die op het terrein werden geëxploiteerd.
We hebben ook wat het Conciliaire Seminarie was gewijd aan San José, ingehuldigd door bisschop Galindo y Chávez in 1701, tegenwoordig bezet door het Regionaal Museum van Guadalajara, met zijn belangrijkste klooster van Toscaanse zuilen en zijn barokke deuropeningen. De beroemde Hospicio Cabañas, gebouwd aan het begin van de 19e eeuw, volgens de plannen van de illustere architect Manuel Tolsá, die het werk José Gutiérrez leidde en jaren later voltooid door de architect Gómez Ibarra, en dat een opmerkelijk voorbeeld vormt van de neoklassieke stijl.
Onder andere kleine constructies die stilistische eenheid aan de stad Guadalajara hebben gegeven, kunnen we vermelden, hoewel ze niet allemaal bewaard zijn gebleven: het statige 16e-eeuwse herenhuis dat stond voor wat eens het San Sebastián-plein in de Analco-buurt was. Het huis aan de Calle de la Alhóndiga nr. 114, momenteel Pino Suárez. De woningen die toebehoorden aan de familie Sánchez Leñero op nr. 37 en die van de heer Dionisio Rodríguez op nr. 133 op Calle de Alcalde. Het Calderón-huis, een traditionele koloniale snoepwinkel opgericht in 1729 en gelegen op de hoek van de oude straten van Santa Teresa en Santuario, tegenwoordig Morelos en Pedro Loza; die van Francisco Velarde, in neoklassieke stijl, en ten slotte het landhuis Cañedo, gelegen tegenover de achterkant van de kathedraal.
In de buurt van Guadalajara, de derde belangrijkste stad van het land, ligt het oude centrum van San Juan Bautista Melzquititlán, het huidige San Juan de los Lagos. Deze stad is een belangrijk religieus centrum geworden dankzij de grote wonderbaarlijke traditie van het beeld van de Maagd Maria die haar basiliek bewaart, gebouwd in het midden van de 17e eeuw door Don Juan Rodríguez Estrada. In dezelfde stad kun je andere constructies zien zoals de Tempel van de Derde Orde, de Kapel van Golgotha, de Kapel van het Eerste Wonder, daterend uit de 17e en 18e eeuw. Er zijn ook belangrijke burgerlijke gebouwen in de bevolking, zoals onder meer het Paleis van het College en de bouw van de Tienden.
In de stad Lagos de Moreno kun je de belangrijkste parochie zien, een 17e-eeuws werk met een prachtige gevel in Churrigueresque stijl.
Ten slotte zijn er in San Pedro Tlaquepaque enkele voorbeelden van barokke religieuze architectuur in de regio, zoals de parochie van San Pedro en de tempel van Soledad.
