De kolonisatie van deze verre landen werd bereikt dankzij de niet-aflatende wil en het onvermoeibare werk van een groep jezuïetenmissionarissen die, wetende dat de veroveraars de inboorlingen niet hadden kunnen onderwerpen, besloten om hen het evangelie te brengen en zo met het woord te bereiken wat dat was niet bereikt door middel van wapens.
Zo kwamen de missionarissen aan het einde van de zeventiende eeuw, onder het enthousiaste initiatief van de jezuïet Eusebio Kino, die van de Spaanse autoriteiten toestemming kreeg om aan de expeditie van admiraal Isidro Atondo y Antillón te beginnen, aan op wat toen werd beschouwd als een eiland, om zijn ongetemde inwoners te evangeliseren. Om toestemming te verlenen had de Kroon als voorwaarde gesteld dat de verovering zou plaatsvinden in naam van de koning van Spanje en dat de missionarissen zelf de middelen zouden verkrijgen om de onderneming uit te voeren.
De eerste missie, Santa María de Loreto, werd in 1697 gesticht door pater José María Salvatierra, die in Tarahumara was geweest en van wie pater Kino had voorgesteld het grote werk uit te voeren. Santa María de Loreto was meer dan honderd jaar de politieke, economische en religieuze hoofdstad van Californië.
Gedurende de volgende driekwart eeuw stichtten de missionarissen een keten van achttien schitterende forten, verbonden door de zogenaamde 'koninklijke weg' die ze zelf aanlegden, die de regio Los Cabos, in het zuiden van het schiereiland, met de huidige grens met ons verbond. buurman in het noorden; Dit was mogelijk doordat er onder de missionarissen aalmoezeniers waren met kennis van bouwkunde en waterbouwkunde.
Van deze formidabele constructies zijn er enkele in perfecte staat bewaard gebleven, zoals San Ignacio, een van de mooiste en best bewaarde gebouwen, gebouwd door pater Juan Bautista Luyando in 1728; dat van San Francisco Javier, gesticht in 1699, dat bestond uit een bescheiden adobe kapel en een priesterhuis gebouwd door Fray Francisco María Piccolo; het huidige gebouw werd in 1774 gebouwd door pater Miguel Barco, en vanwege zijn prachtige architectuur wordt het beschouwd als "de parel van de missies van Baja California Sur"; dat van Santa Rosalía de Mulegé, opgericht in 1705 door pater Juan María Basaldúa, 117 kilometer ten noorden van Loreto, was een van de best gelegen, aangezien het werd gebouwd in een oase aan zee.
De missies combineerden de schoonheid van de architectuur en de rijkdom van de versiering met een praktische omgeving, waardoor er permanente nederzettingen om hen heen konden worden gevestigd. De missionarissen evangeliseerden niet alleen de aboriginals, maar leerden hen ook om de woestijn vruchtbaar te maken met dadelpalmen; ze introduceerden vee en de teelt van maïs, tarwe en suikerriet; Ze slaagden erin om het land fruitbomen te laten produceren, zoals avocado en vijgen, en om te voldoen aan de religieuze riten die wijn en olie vereisten, kregen ze toestemming om de wijnstok en de olijfboom te verbouwen, wat in de rest van de New York City verboden was. Spanje, en dankzij dit worden vandaag uitstekende wijnen en olijfolie geproduceerd in de regio. En alsof dit alles nog niet genoeg was, introduceerden ze ook de eerste rozenstruiken die bloeiden in deze landen en die tegenwoordig de parken en tuinen van het hele schiereiland sieren.
