Hidalgo vertrok naar Aguascalientes en zette koers naar Zacatecas. Hier werd bepaald dat de belangrijkste leiders, met de beste troepen en het geld, naar de Verenigde Staten vertrokken.
Toen ze eenmaal onderweg waren, werden ze op 21 maart door de royalisten gevangengenomen in Norias del Baján of Acatita del Baján. Hidalgo werd naar Monclova gebracht, vandaar vertrok hij op 26 maart via de Alamo en Mapimí en op de 23e ging hij Chihuahua binnen. Toen werd het proces gevormd en op 7 mei werd de eerste verklaring afgelegd. Het kerkelijke karakter van Hidalgo zorgde ervoor dat zijn proces meer vertraging opliep dan dat van zijn metgezellen.
Het veroordeling tot degradatie werd uitgesproken op 27 juli en op 29 juli werd het uitgevoerd in het Royal Hospital waar Hidalgo werd opgesloten. De Raad van Oorlog veroordeelde de gevangene om te worden bewapend, niet op een openbare plaats zoals zijn metgezellen, en schoot hem in de borst en niet in de rug, waardoor zijn hoofd werd gespaard. Hidalgo hoorde het vonnis kalm aan en was bereid te sterven.
Zijn laatste dag is als volgt beschreven: “Terug in zijn gevangenis kreeg hij een chocoladeontbijt voorgeschoteld, en nadat hij dat had ingenomen, smeekte hij hem om in plaats van water een glas melk te krijgen, dat hij afsloot met een buitengewoon vertoon van eetlust en plezier. Even later kreeg hij te horen dat het tijd was om naar de marteling te gaan; Hij hoorde het onveranderd, stond op en verklaarde dat hij klaar was om te vertrekken. In feite kwam hij uit de afschuwelijke kubus waarin hij zich bevond, en nadat hij er vijftien of twintig passen vandaan was gekomen, stopte hij even, omdat de officier van de wacht hem had gevraagd of hem iets werd aangeboden om zich als laatste te ontdoen; Hierop antwoordde hij dat ja, hij wilde dat ze hem wat snoep zouden brengen dat hij op zijn kussens had achtergelaten: ze brachten ze inderdaad, en nadat ze ze hadden verdeeld onder dezelfde soldaten die hem in brand moesten steken en achter hem marcheerden, moedigde hij hen aan en troostte ze met zijn vergeving en zijn liefste woorden om hun werk te doen; En aangezien hij heel goed wist dat hem de opdracht was gegeven zijn hoofd niet te schieten, en hij vreesde dat hij veel zou lijden, omdat het nog steeds schemerde en de voorwerpen niet duidelijk te zien waren, besloot hij met de woorden: 'De rechterhand die ik op mijn borst zal leggen, , mijn kinderen, het veilige doel waarnaar u moet gaan ”.
“De bank van de marteling was daar in een binnenkraal van de bedoelde school geplaatst, in tegenstelling tot wat er werd gedaan met de andere helden, die werden geëxecuteerd op het pleintje achter dat gebouw, en waar het monument nu staat. dat doet ons aan hem denken, en aan het nieuwe winkelcentrum dat zijn naam droeg; en toen de Hidalgo wist van de plaats waartoe hij was aangesproken, marcheerde hij met een ferme en serene stap, en zonder toe te staan dat zijn ogen geblinddoekt werden, bad hij met een sterke en vurige stem de psalm Miserere mij; Hij arriveerde bij het schavot, kuste hem met berusting en respect, en ondanks enige onenigheid waardoor hij niet met zijn rug naar voren ging zitten, ging hij naar voren zitten, bevestigde zijn hand op zijn hart, herinnerde de soldaten eraan dat dit de punt waar ze hem moesten neerschieten, en even later explodeerde de ontlading van vijf geweren, waarvan er één effectief de rechterhand doorboorde zonder het hart te kwetsen. De held, bijna onbewogen, spande zijn gebed, en hun stemmen werden tot zwijgen gebracht toen nog eens vijf geweermuilkorven weer tot ontploffing kwamen, wiens kogels het lichaam passeerden, de banden verbraken die hem aan de bank bonden, en de man viel in een meer van bloed, hij was nog niet gestorven; er waren nog drie kogels nodig om een einde te maken aan dat kostbare bestaan, dat de dood al meer dan 50 jaar eerbiedigde. "
Zijn hoofd, met dat van Allende, Aldama en Jiménez, werd in ijzeren kooien op de hoeken van de Alhóndiga de Granaditas in Guanajuato geplaatst. Het lichaam werd begraven in de derde orde van San Francisco de Chihuahua, en in 1824 werden de stam en het hoofd naar Mexico gebracht om met grote plechtigheid te worden begraven.
