Geboren in Como, Italië in 1702 van adellijke afkomst. In Spanje, waar hij op de vlucht voor de Oostenrijkse oorlog arriveert, krijgt hij ruime bevoegdheden om het pensioen van de nakomelingen van Moctezuma te innen in de koninklijke Cajas van Mexico.
In 1736 reisde hij naar Nieuw-Spanje. Gedurende de acht jaar van zijn verblijf wijdde hij zich aan het onderzoeken van de verschijningen van de Maagd van Guadalupe, waarbij hij veel grafisch en beeldmateriaal verzamelde. Het bevordert de bekroning van het Guadalupan-imago, wat wantrouwen jegens de plaatselijke autoriteiten wekt. Hij wordt gevangen genomen en zijn collectie wordt gestript. Maanden later, nadat hij naar Spanje is gedeporteerd, gaat hij aan boord van een schip dat in handen valt van de piraten die hem in Gibraltar achterlaten.
Met geweldige werken kwam hij in Spanje aan en kwam in contact met de verzamelaar Mariano Fernández de Echeverríay Veytia, die zijn vrijspraak bereikte toen hij werd benoemd tot Royal Chronicler of the Indies, een positie die Boturini verwierp om zich te wijden aan het schrijven over de geschiedenis van inheemse volkeren. Hoewel hij zijn collectie nooit heeft teruggevonden, schreef hij er de Catalogus van het Indianenmuseum op. Zijn werk is erg origineel en goed gedocumenteerd. Hij stierf in Madrid op een onzekere datum, tussen 1750 en 1755.
