De archeologische overblijfselen van Ixtépete, een ceremonieel centrum in de buurt van de stad Guadalajara in de gemeente Zapopan en de recente vondsten van meer dan twintig schachtgraven in de Atemajac-vallei, laten ons concluderen dat er tijdens de klassieke periode (200 BC-650 na Christus)
Kort voor de verovering werd de vallei voor het grootste deel bewoond door groepen Cocas en Tecuexes, bijeengekomen in kleine dorpen die afhankelijk waren van de heerschappij van Tonallan en die in 1530 zonder veel weerstand werden onderworpen door Nuño Beltrán de Guzmán.
Aan het einde van het volgende jaar ondernam Guzmán de verovering naar het noorden, waarbij hij Juan de Oñate de opdracht gaf het ravijn van de rivier de Santiago over te steken en zo ver mogelijk maar met voorzichtigheid een Spaanse bevolking vond zonder zichzelf bloot te geven. Zo werd op 5 januari 1532, nabij Nochistlán, in het huidige Zacatecas, Guadalajara gesticht.
Omstandigheden die ongunstig waren voor de kolonisten veroorzaakten de verplaatsing van deze stad naar Tonalá, maar het verblijf daar was van korte duur en kort daarna vestigden de Hispanics zich in de buurt van Tlacotan, waar ze bleven tot 1541. De opstand van de Caxcanes, beter bekend als de Mixtón-oorlog, die Hij bracht de Spaanse overheersing in groot gevaar, hij bereikte de buitenwijken van Guadalajara. Met de opstand 'door vuur en bloed' neergeslagen door het machtige leger onder leiding van onderkoning Antonio de Mendoza, bereikte de stad vrede maar bleef zonder inheemse arbeid achter, dus, op zoek ernaar, besloten ze de bevolking te verplaatsen en vonden ze voldoende Valle de Atemajac, waar de laatste en definitieve fundering werd gelegd op 14 februari 1542. Later werd het nieuws bevestigd dat de koning haar bijna drie jaar eerder de rang en privileges van de stad had verleend.
In 1546 creëerde paus Paulus III het bisdom Nueva Galicia en in 1548 werd de gelijknamige Audiencia opgericht; Het hoofdkantoor van beide rechtsgebieden bevond zich aanvankelijk in Compostela, Tepic, totdat in 1560 opdracht werd gegeven om over te schakelen naar Guadalajara, waardoor het het gerechtelijk hoofd werd van het uitgestrekte gebied dat toen de Audiencia van Guadalajara heette, de hoofdstad van het koninkrijk Nueva Galicia en de zetel van het bisdom. Omdat elke Spaanse stad als een schaakbord was opgesteld vanaf het plein van San Fernando en ook zoals de gewoonte was, werden de inheemse wijken Mexicaltzingo, Analco en Mezquitán buiten het plan gelaten. Het evangelisatieproces werd gestart door de franciscanen, gevolgd door de augustijnen en de jezuïeten.
Geleidelijk, met moeilijkheden en tegenslagen maar ook met successen, groeide Guadalajara en vestigde zich als een economisch en machtscentrum, zozeer zelfs dat in het midden van de 18e eeuw een aanzienlijk aantal rijke mensen uit Guadalajara wilden dat Nueva Galicia en Nueva Vizcaya een totaal buitenlandse onderkoninkrijk zouden integreren. naar Nieuw-Spanje, een doel dat niet werd bereikt omdat de politiek-bestuurlijke hervormingen van 1786 voor de deur stonden, die de territoriale structuur veranderden en de hele onderkoninkrijk in 12 gemeenten verdeelde, waarvan er één Guadalajara was.
Tijdens de kolonie, vooral in de 18e eeuw, heeft de economische bloei een architecturaal, cultureel en artistiek erfgoed nagelaten, waarvan de getuigenissen nog steeds in de hele stad bestaan.
De pro-onafhankelijkheidsstrijd die over het hele grondgebied van Nieuw-Spanje liep, drong Jalisco binnen, zodat toen de Onafhankelijkheidsoorlog uitbrak in verschillende delen van de gemeente er opstanden waren.
Op 26 november 1810 trok don Miguel Hidalgo, het bevel over een groot leger, Guadalajara binnen en werd ontvangen door José Antonio Torres, die kort daarvoor de stad had ingenomen. Hidalgo vaardigde hier een decreet uit tot afschaffing van de slavernij, gestempeld papier en alcabala's en sponsorde het drukken van de opstandige krant El Despertador Americano.
Op 17 januari 1811 werden de opstandelingen verslagen op de Calderón-brug en de royalistische troepen van Calleja herstelden Guadalajara, en namen het bevel over José de la Cruz op zich, die samen met bisschop Cabañas elke uitbarsting van rebellie vernietigde.
De onafhankelijkheid werd uitgeroepen in 1821, de vrije en soevereine staat Jalisco werd opgericht, waardoor Guadalajara de hoofdstad van de staat en zetel van de machten werd.
De instabiliteit die gedurende bijna de gehele negentiende eeuw in het land heerste, verergerd door buitenlandse invasies, maakte het moeilijk, maar weerhield de staat en vooral in zijn hoofdstad er niet van om zich in verschillende orden verder te ontwikkelen. Concrete voorbeelden zijn: in het tweede kwart van de eeuw, de oprichting van het Instituut voor Staatswetenschappen; de bouw van de School of Arts and Crafts, de Botanische Tuin, de Penitentiaire Inrichting en het Pantheon van Bethlehem, evenals de opening van de eerste fabrieken.
Aan het begin van de jaren tachtig verschenen stadstrams met dierentractie, het elektrische licht werd geïnstalleerd in 1884, in 1888 arriveerde de eerste spoorweg in Mexico en die van Manzanillo in 1909. In de jaren negentig richtte Don Mariano Bárcena het Astronomisch Observatorium op en het Industrieel Museum.
Tijdens de revolutie waren er in Guadalajara enkele daden van rebellie tegen de dictatuur van Díaz, zoals arbeidersstakingen en studentenprotesten, en Madero werd zelfs in 1909 en 1910 ontvangen met grote uitingen van sympathie. Er waren echter geen oorlogszuchtige gebeurtenissen in de nasleep. Aan de andere kant leed de hoofdstad van Guadalajara een soort stagnatie die eindigde in 1930 toen de vrede die door de Cristeros-oorlog was gebroken, werd overeengekomen, waardoor een verlangen naar modernisering begon dat niet is geëindigd.
Zie ook koloniale steden: Guadalajara, Jalisco
