Met slechts drie of vier maanden regen per jaar kon Colima aan de noodzakelijke voorwaarden voor het menselijk leven voldoen dankzij de vele stromen die uit de bovenste delen van de Volcán de Fuego kwamen. Er zijn aanwijzingen dat de mens zich rond 1500 voor Christus in deze vallei vestigde.
De cultuur die bekend staat als Complejo Capacha waren landbouw- en sedentaire samenlevingen die aanleiding gaven tot de beroemde traditie van schachtgraven: mortuariumkamers waarin rijke offers werden gedeponeerd en die toegankelijk waren via een verticale en ronde schacht van 1.20 tot 1.40 m in diameter. In het recreatiecentrum van Tampumachay, in de stad Los Ortices, zijn drie graven met de oorspronkelijke schacht en gewelven, en binnenin een reeks stenen vaten en gereedschappen die aan de doden werden aangeboden.
Toen religie een groter gewicht kreeg in de sociale organisatie, begonnen vanaf 600 na Christus ceremoniële ruimtes te worden gebouwd van pleinen, afgebakende binnenplaatsen en rechthoekige platforms van aanzienlijke afmetingen. De meer architectonisch complexe nederzettingen ontstonden pas na 900 na Christus.
De plaats die deze etappe het beste vertegenwoordigt, is La Campana. Het is een grote nederzetting - het ceremoniële gebied was meer dan 50 hectare - met een opeenvolging van rechthoekige platforms. Bovenaan deze platforms bevinden zich waarschijnlijk gebieden die verband houden met graanopslag. Er zijn ook complexe woonsystemen die ongetwijfeld bezet moeten zijn geweest door burgerlijke en religieuze leiders.
Op deze site vallen twee aspecten op: de locatie van schachtgraven die in ceremoniële ruimtes zijn geïntegreerd en het bestaan van een complex netwerk van afwaterings- en waterleidingen.
Een andere belangrijke archeologische vindplaats in Colima is El Chanal, gelegen ongeveer 6 km ten noorden van de stad, die een maximale uitbreiding van 200 hectare moet hebben gehad. Omdat het zich uitstrekte tot aan beide oevers van de Colima-rivier, staat het bekend als El Chanal Este en El Chanal Oeste. Dit laatste, hoewel het niet volledig is onderzocht, vertoont een duidelijke complexiteit, aangezien het binnenplaatsen, pleinen, structuren, grachten en straten heeft. El Chanal Este, aan de andere kant, werd grotendeels verwoest omdat de moderne stad die zijn naam draagt, op zijn ruïnes was gevestigd.
De onderzoeken tonen aan dat er in de plaats indicatieve elementen zijn van de dubbele tempel, het concept van het bankaltaar en de altaarplatforms van kleine afmetingen, evenals een groot aantal bulksculpturen, gravures en stenen reliëfs; cijfers met betrekking tot de Xantiles; polychroom aardewerk met omtrekken van adelaars en gevederde slangen; en tenslotte metaal. Maar het meest opvallende aan deze cultuur is de aanwezigheid van het stedelijke fenomeen en het bestaan van de kalender.
