Gebouwd op de hellingen van de heuvels, moest de stedelijke structuur van deze stad zich aanpassen aan de topografische aspecten van het terrein, hoewel ze probeerde een reticulaire vorm zoals een schaakbord te respecteren.
Dit aspect heeft het uiteindelijk mogelijk gemaakt om op een afgemeten en harmonieuze manier te groeien, die door de eeuwen heen zijn oorspronkelijke karakter heeft behouden. De stichting kwam voort uit de behoefte om reizigers te beschermen en te beschermen die tussen Zacatecas en de hoofdstad van het toenmalige koninkrijk Nieuw-Spanje reisden, voornamelijk mineralen vervoeren en die werden belegerd door de inheemse nomaden van de Chichimeca-natie. San Miguel vestigde in de buurt van de huidige stad een stad met de naam Itzcuinapan en wijdde de aartsengel San Miguel als beschermheilige. Die primitieve bevolking had ernstige problemen met de watervoorziening, naast de voortdurende en gewelddadige aanvallen van de inheemse Chichimecas in de omliggende regio's. Om deze reden hebben de inwoners van de Villa de San Miguel de nederzetting een paar kilometer naar het noordoosten verplaatst; dat was de plaats waar in 1555, op verzoek van de onderkoning Don Luis de Velasco, de Villa de San Miguel el Grande zou worden gesticht door Don Ángel de Villafañe. De onderkoning eiste ook dat Spaanse buren zich daar zouden vestigen, die land en vee zouden krijgen, terwijl de inheemse bevolking die erin woonde het eerbetoon zou krijgen en zou worden geregeerd door hun eigen leiders om toekomstige opstanden te voorkomen.
Op 8 maart 1826 maakte het Staatscongres er een stad van en veranderde de naam, die voortaan San Miguel de Allende zou zijn, ter ere van de beroemde opstandeling die daar in 1779 werd geboren.
Binnen dit aantrekkelijke koloniale beeld zijn verschillende werkelijk opmerkelijke paleizen uit die tijd gehuisvest. Een van de meest opmerkelijke zijn het Gemeentelijk Paleis, voorheen het stadhuis gebouwd in 1736. Het huis waar Ignacio Allende werd geboren, een voorbeeld van de barokke architectuur van de stad, vooral op de gevel, en dat momenteel het Regionaal Museum is. Het Casa del Mayorazgo de la Canal, met een prachtige neoklassieke gevel, werd tegen het einde van de 18e eeuw voltooid door José Mariano de la Canal y Hervas, wethouder, decaan en koninklijke vlag. Het oude herenhuis van Don Manuel T. de la Canal, een constructie uit 1735 die in 1809 werd gerenoveerd volgens een project van de illustere Spaanse architect Don Manuel Tolsá; het gebouw herbergt momenteel het Allende-instituut en benadrukt de breedte van zijn binnenplaatsen, een prachtige kapel en zijn buitengewone bogen. Het huis van de inquisiteur, dat diende als residentie van de commissaris van het Heilig Officie en dat dateert uit 1780. Het huis van de markiezen de Jaral de Berrio, gebouwd aan het einde van de 18e eeuw, en dat van de graven van Loja met zijn elegante façade.
Wat religieuze architectuur betreft, bezit de stad ook architectonische schatten van buitengewone waarde, zoals de kerk en het klooster van Santo Domingo, een sober gebouw uit 1737. Het klooster Leal de la Concepción, dat momenteel het Cultureel Centrum is, Het is een opmerkelijk gebouw vanwege de enorme patio; Het werd in de 18e eeuw gebouwd door de architect Francisco Martínez Gudlño.
De kapel van Santa Cruz del Chorro, een van de oudste; de tempel van de Derde Orde, daterend uit het begin van de zeventiende eeuw. Het prachtige ensemble van de tempel en het oratorium van San Felipe Neri, uit het begin van de 18e eeuw; de kerk heeft een uitbundige barokke gevel gemaakt in roze steengroeve en versierd met een sterke inheemse invloed. Het interieur heeft een gevarieerde en rijke versiering tussen meubels, sculpturen en schilderijen die bewondering verdienen, naast de prachtige kapel van de Santa Casa de Loreto en zijn Camarín de la Virgen, beide prachtig versierd en dankzij de toewijding van de markies Manuel Tomás de la Canal. Nabij het oratorium staat de tempel van Onze-Lieve-Vrouw van Volksgezondheid, gebouwd in de 18e eeuw met een verzonken façade bekroond door een grote schelp.
Ook een van de meest aantrekkelijke in de stad is de San Francisco-tempel uit de 18e eeuw, met zijn prachtige Churrigueresque façade, en de beroemde parochie is bijna een symbool van San Miguel de Allende; Hoewel de constructie in neogotische stijl recenter is, werd het gebouwd op de structuur van de oude 17e-eeuwse tempel, met volledige respect voor het interieur en het oorspronkelijke plan.
Heel dicht bij de stad ligt het heiligdom van Atotonilco, een 13e-eeuws bouwwerk van sobere proporties dat eruitziet als een fort en waarin waardevolle schilderijen uit dezelfde eeuw bewaard zijn gebleven.
