Calleja was de organisator en het hoofd van het centrale leger (1810-12) tijdens de Onafhankelijkheidsoorlog en de zestigste onderkoning van Nieuw-Spanje, die regeerde van 1813 tot 1816, als een van de grote schurken in de geschiedenis van Mexico.
Hij werd geboren in Medina del Campo, Valladolid, en stierf in Valencia. Hij voerde zijn eerste campagne als tweede luitenant in de noodlottige Algiers-expeditie die, tijdens het bewind van Charles III, werd geleid door graaf O'Reilly. Hij was een leraar en kapitein van een bedrijf van 100 cadetten, waaronder Joaquín Blacke, regent na Spanje, en Francisco Javier de Elío, toekomstige onderkoning van Buenos Aires, aan de Militaire School van Puerto de Santa María.
Hij arriveerde in Nieuw-Spanje met de tweede graaf van Revillagigedo (1789), als kapitein verbonden aan het vaste infanterieregiment van Puebla, en voerde met succes verschillende opdrachten uit totdat hij werd benoemd tot commandant van de San Luis Potosí-brigade. Hij had daar onder zijn bevel het kanton van de troepen opgedragen zich te verzamelen door onderkoning Marquina, die met zijn compagnie werd bijgewoond door kapitein Ignacio Allende. Daar trouwde hij ook met Doña Francisca de la Gándara, dochter van de koninklijke vlag van die stad, die de eigenaar was van de grote Hacienda de Bledos; en hij verwierf grote invloed op de mensen van het land, die hem kenden als 'de meester Don Félix'.
Toen de opstand van Hidalgo plaatsvond, zonder te wachten op bevelen van de onderkoning, zette hij de troepen van zijn brigade op de wapens, vermeerderde ze met nieuwe en organiseerde en disciplineerde hij het kleine (4.000 man) maar machtige leger van het centrum, dat erin slaagde om te verslaan Hidalgo en staan voor het formidabele offensief dat door Morelos is gestart.
Calleja trok zich terug in Mexico na het beleg van Cuautla (mei 1812), hij had in zijn woning (Casa de Moncada, later Iturbide Palace genoemd) zijn kleine rechtbank waar de onvrede met de regering van Venegas, die werd beschuldigd van gebrek aan geld en machteloos om de revolutie te beheersen en te beëindigen. Ongeveer 4 jaar later regeerde hij het land als onderkoning. Hij voltooide het leger door het 40.000 man van lijntroepen en provinciale milities te laten bereiken, en zoals veel royalisten zich in alle steden en landgoederen organiseerden, beiden verlieten meestal de provincies die in revolutie waren; hij reorganiseerde de schatkist, wiens producten toenamen met nieuwe belastingen; het herstelde het handelsverkeer met de frequente konvooien die weer circuleerden van het ene einde van het koninkrijk naar het andere en de reguliere postdienst; en groeide de prestatie- en douaneproducten.
Dit veronderstelt de voortdurende en intense campagnes die hij promootte tegen de opstandelingen, waarin Morelos bezweek. Een vastberaden en gewetenloze man, hij stopte zichzelf niet in de media en sloot zijn ogen voor de misstanden die zijn bevelhebbers begingen, als ze de echte zaak met ijver dienden. Zo maakte hij zichzelf hatelijk tegenover zijn tijdgenoten.
Keerde terug naar Spanje, ontving hij de titel van graaf van Calderón (1818) en de grote kruisen van Isabel la Católica en San Hermenegildo. Nadat hij kapitein-generaal van Andalusië en gouverneur van Cádiz was geweest, voerde hij het bevel over de expeditietroepen van Zuid-Amerika, die opstonden voordat ze vertrokken en hem in de gevangenis brachten (1820). Vrijgelaten, weigerde hij de regering van Valencia en werd opnieuw opgesloten op Mallorca tot 1823. "Gezuiverd" in 1825 bleef hij tot aan zijn dood in de kazerne in Valencia.
