Omdat ze niet wisten hoe ver het noorden van het land zich uitstrekte, kwamen de jezuïeten aan in Chihuahua. In de zeventiende eeuw werd de huidige staat in het zuidwestelijke deel gevormd door wat bekend stond als de regio Chínipas, terwijl de rest van het grondgebied was verdeeld tussen de bovenste en onderste Tarahumara.
De eerste pogingen om Chihuahua te evangeliseren kwamen van de reizen van de jezuïeten, die zich eerder in de staat Sinaloa hadden gevestigd. De eerste die in de regio werd gebouwd, was die van pater Juan Castini in 1621 en staat bekend als de Chínipas-missie.
De jezuïeten werkten in de bergen tussen de Tepehuanes, Guazaparas en Tarahumara-indianen, terwijl de franciscanen in de valleien en vlakten werkten. De eerste stabiele missionaris in de regio Chínipas was de jezuïet, pater Julio Pascual, die in 1632 samen met pater Manuel Martínez de marteldood stierf. Tegen 1680 gaf Fray Juan María Salvatierra een krachtige impuls aan de missie die werd geconsolideerd in de jaren 1690 en 1730. In het midden van de zeventiende eeuw werden de jezuïetenmissies in de regio Chínipas een van de best georganiseerde en geavanceerde.
In het zuiden lag het Nabogame, waar je nog steeds de kerk, de pastoor en het missiehuis kunt zien, gebouwd door pater Miguel Wiytz in 1744. Baborigame Satevo bevindt zich in hetzelfde gebied, dat nieuwe kracht kreeg bij het bestuur van pater Luis Martín. en Tubares, opgericht in 1699 door pater Manuel Ordaz en nieuw leven ingeblazen door de administratie van de historicus Félix Sebastián. De laatste werd beschouwd als een van de meest welvarende in kerk, huis, vee en boerderijen. In het centrum bevinden zich de missies van Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana en in het noorden Babarocos en Moris.
Het Tarahumara Baja-gebied werd voor het eerst geëvangeliseerd door pater Juan Fonte, die zijn eerste entree maakte in 1608. In 1639 bouwde pater Jerónimo Figueroa de missie van San Pablo Balleza en die van Huejotitán (San Jerónimo), terwijl pater José Pascual tegelijkertijd San Felipe aan het bouwen was. Binnen dezelfde Tarahumara-regio bevinden zich ook La joya, Santa María de las Cuevas en San Javier Savetó, de laatste missie gebouwd in 1640 door pater Virgilio Máez.
Wat betreft het grondgebied van de Tarahumara Alta, dat het centrum en het noorden van deze entiteit omvatte, begon het evangelisatiewerk van de paters Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay en Neuman. De missies in deze regio waren: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí of Temeichi, Coyachi of Coyachic, Tomochi of Tomochic, Tutuaca of Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi en Tesomachi. In het midden van de zeventiende eeuw werd de jezuïetenmissie van Chihuahua de best georganiseerde en bestuurde missie, met uitzondering van die in Californië.
Op het grondgebied van Chihuahuan was er ook het zendingswerk van de franciscanen. Het doel van de religieuzen was om de band te voltooien die al bestond in het noorden van Zacatecas, waarvoor ze kloosters in Chihuahua en Durango stichtten. De kloosters moesten, net als de jezuïeten, het doel vervullen om de ongelovigen te evangeliseren. De gebouwen die werden gemaakt waren die van Onze Lieve Vrouw van het Noorden, dat nu Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva of Bacínava (Onze Lieve Vrouw van Geboorte ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua en Casas Grandes.
